约翰想着四年前的往事，独自陷入了沉思。曾经事美国军人的他，冒着生命危险，为国前往伊拉克驻兵，然而回国后，不仅没有得到应有的重视，还因为他那变种人的身份，而遭到路人的谩骂。

就在他向同伴诉苦时，突然间发生了一场爆炸，是变种人大战就此展开。变故之后，变种人从此沦为被追捕的对象，约翰连仅有的尊严——自由都失去了。

克拉丽丝知道索尼娅改了自己的记忆后，心里一直耿耿于怀，她质问约翰到底心里是怎么想的，约翰回答得十分模棱两可。

克拉丽丝本来心里对约翰就有好感，她问约翰，之前救自己的时候，是利用她的能力，把她当作万能开锁器，还是真心有为她着想。约翰的回答再一次让克拉丽丝伤透了心，约翰对克拉丽丝充满愧疚，却没有一丝情意。克拉丽丝一怒之下，离开了变种人地下基地。脉冲的叛变让变种人组织十分在意，特勤局有能力让他们产生内讧，这当中一定有什么秘密。里德在脉冲的手臂上纹了一个图案，他认出了这个图案在巴顿鲁日的联邦大楼中看见过。为了查明真相，他决定联手和马可斯一起去一趟巴顿鲁日，找出特勤局让变种人内讧的秘密。

里德的儿子安德鲁表示想跟着一起去，他的能力可以助马可斯和爸爸一臂之力。三人结伴，坐上了一辆伪装成运输农产品的卡车，向巴顿鲁日出发。

路上虽然遇到特勤局的临时检查，但三人合力，最后还是顺利到达了联邦大楼。他们成功潜入变种人对策负责人的办公室，把变种人的档案资料都拿到了手。然而，事情并未就此结束，特纳锲而不舍地追踪他们，根据蛛丝马迹，追到了巴顿鲁日。三人带着资料连忙逃跑，但在路上，特勤局火力全开，三人陷入了险境。

就在千钧一发之际，劳拉突然施展了控制空气的超能力，帮马可斯三人的卡车挡走了全部攻击。里德和儿子安然无恙地回到了凯特琳身边，马可斯也回到了洛娜身边，美美地睡了一觉。

然而，真正的战争现在才开始。特勤局让变种人叛变的真相尚未查清，克拉丽丝离开变种人组织后，去向不明。马可斯在结束了一连串的逃忙和战斗后，想着能平静一番，却接到了前女友、贩毒集团首领卡门的电话。

卡门要求马可斯要还之前欠她的人情，她帮马可斯救了磁铁女，马可斯现在要替她办事，不然的话，卡门便把变种人组织的信息告诉特勤局。

在1952年的英国伦敦，有一对变种人姐弟匿藏在这里。这对姐弟利用自己的异能力，在世界各地制造了多个大型的恐怖袭击，正在东躲西藏逃避国际刑警的追捕。

里德看见特拉斯克这个公司名字后，发现自己的命运和变种人从一开始便似乎冥冥中有所关联。他的父亲在这个公司工作了35年，和自己从小聚少离多，关系不好。

里德对妻子和儿女都称自己的父亲已经死了，其实不然，他的父亲奥托还活着，开着一个古董店安享晚年。约翰终于找到克拉丽丝，向她表示了歉意，劝她回变种人组织。克拉丽丝这时虽然对约翰还有抵触，但她想回自己以前待的地方看看。

那里是一对好心的夫妇经营的地方，收养了很多变种人孤儿。然而，克拉丽丝回到旧时住处时，发现这里一片狼藉，还满地血迹。约翰通过现场重现的异能，看见这里被人搜查过，克拉丽丝的养父母也丧了命。经过一番追查，克拉丽丝还是找到了从旧处逃掉的变种人兄弟姐妹。

他们被一位好心的牧师收留了，目前藏在永恒恩典教堂。就在地下组织打算去把这些同类人接回基地时，其中一位有读心术能力女孩指着一个妇女，说她的想法有点奇怪。果然，约翰他们靠近这位女性，对方便激烈反抗。

大伙儿费了九牛二虎之力终于把她制服了。回到基地后，这位女性情绪失控，到处乱撞，状态还十分奇怪，想犯了毒瘾。档案显示，她叫克洛伊，因为自己的女儿被特勤局的人伤害，在反抗时造成了破坏，于是被带走了。

凯特琳想起她这种犯毒瘾的现象，跟变种人被打了“基克”后的反应一样。“基克”是一种变种人毒品，能让变种人迅速变强，但会上瘾。

可想而知，特拉斯克对克洛伊做了多么可怕的事。里德向家人坦白了一切后，便提出要亲自去找父亲谈谈，看看能不能在他口中问出些有用的情报。约翰则和里德结伴，陪他走这一趟。再次见到父亲，里德百感交集。

里德把屈藏在心中多年的委屈倾诉出来，并把自己一对变种人儿女的情况告诉了父亲奥托。奥托听到这里，突然觉得应该让儿子知道真相，于是把他带了上楼。

原来，里德的爷爷、姨婆，就是上世纪中时期，臭名昭著的变种人姐弟“芬利斯双子”——安德利亚·斯特拉克、安得利亚斯·斯特拉克。

他们的能力和劳拉还有安迪的能力如出一辙。奥托本身也是变种人，但从父亲安德利亚手中逃脱了，自此之后便潜心研究克制变种人的基因X，希望减少变种人的危害。这时奥托坦言，里德本来也是变种人，但是奥托希望他能过正常人的生活，于是在他身上植入抑制基因。但那次，里德生病了，自此之后，奥托便觉得自己没有脸见儿子，于是断绝了往来。

原来父子间多年的隔阂都是因为误会，里德顿时感慨命运是多么会捉弄人。父子相聚没过多久，坎贝尔教授便带着一队人马来到奥托的古董店外。此时，能屏蔽变种人能力的“脉冲”按照坎贝尔的命令，施展了能力，随后坎贝尔便带着搜查令，要求搜查奥托的房子。

里德和约翰在二楼带着坐以待毙的心情，等着怎么去迎战，突然间，奥托不受“脉冲”的阻碍，施展了自己的能力。古董店瞬间产生了毁灭性的爆炸，坎贝尔也受了伤离去。

大伙儿合力制服了克洛伊后，总算能在她垂死之际，让读心女孩把特拉斯克对她做的行为读了出来。特拉斯克公司对变种人做的的各种非人手段，实在让人毛骨悚然。