Nanomaterials expert sees a mysterious countdown superimposed and finds himself under military investigation. He enters the VR game developed by a secret organization and discovers the truth behind the deaths of dozens of scientists. 

Wang Miao and Shi Qiang re-enter the Three-Body game through a found hard drive. Monitor No.1379 reveals receiving a warning to protect Earth but is sanctioned for betrayal and forced to live until Earth loses hope.

According to Ye Wen Jie, the Trisolaris launched two protons into the solar system six years ago to lock the progress of human science.

Ye Wen Jie meets Mike Evans in northwest China. Inspired by Ye's findings at the Base, Evans builds a huge ship named "the Judgment Day". Ye says the Adventists' intercepted information of the Lord is stored on the ship.

Lei Zhi Cheng wants to monopolize the message that Ye Wen Jie received from Trisolarans. 

On Radar Peak, Ye Wen Jie replies to the Trisolarans. 

Ye Wen Jie, who conducted research at the Red Coast Base, comes up with a bold exploration plan: use the sun as an amplifier to transmit signals into the universe.

Clues link Chen Xue to ETO and the K1303 train killing. Wang Miao learns of the ETO gathering, and the Battle Command Center plans an arrest operation. 

Ye Wen Jie pays her homage to Shen Yu Fei and learns about the Adventists. Wang Miao and Shi Qiang suspect divisions within the ETO. Wang Miao continues playing the game while the game server's location is discovered.

At an offline party for the Three-Body game, Pan Han reveals the reality of the Three-Body world. Wang Miao supports Pan Han and informs Shi Qiang about the event, exposing the Three-Body organization ETO.

Wei Cheng's addiction to Three-Body computing led him to marry Shen Yu Fei. Wang Miao enters the game and realizes the problem's unsolvability, causing Shen Yu Fei's despair.

Wang Miao and Shi Qiang share their information, but Shi Qiang doubts it's all a coincidence. Ye Wen Jie waits for ETO leader Evans at the Red Coast Base.

Ye Wen Jie was moved by Lei Zhi Cheng's respect and trust. With Yang Wei Ning's help, she discovered that Red Coast was searching for aliens. 

Shi Qiang and Wang Miao embark on a mission to find Shen Yu Fei and Ye Wen Jie. The Earth Three-body Organization is divided, hindering communication with the "Lord." Ye Wen Jie establishes the Third Red Coast Base but receives no messages.

A Tri-Solar Syzygy (a straight-line configuration of three or more celestial bodies in a gravitational system) ends Civilization No.184. Wang Miao is invited to a players' meet-up by the system administrator of the game. 

Wang Miao re-enters the game with his daughter's inspiration and Ye Wen Jie's interpretation. Shi Qiang and Xu Bing Bing become more suspicious of Ye Wen Jie because of her financial aid to her niece, Chen Xue.

叶文洁告诉汪淼她进入红岸后的事情，维护检修是她在红岸第一个实质工作内容，政委雷志成和总工杨卫宁的争执后，最终决定让叶文洁代替要离开的老刘进入发射科核心骨干岗位，雷志成高速叶文洁实验是用来侦查和打击卫星的，叶文洁质问杨卫宁为什么不信任她。

听了汪淼的话，史强更怀疑叶文洁了。

史强引导汪淼将天体力学问题抛给叶文洁。

史强发现慕星已经被同化。拯救派反对降临派刺杀科学家。

叶文洁在纳米中心见王淼并讨论红岸基地。

叶文洁在直升机上见到红岸政委雷志成和总工杨卫宁。

叶文洁回忆杨卫宁作为新研究生到叶哲泰和绍琳家里做客。

叶文洁回忆初到红岸基地。

保护科学家被很多人当作绑架。胡晓希主动投案，但是常伟思发现被耍了。

申玉菲代表的拯救派和潘寒代表的降临派矛盾逐渐明显。

潘寒继续引导慕星反对科技。

139号文明进化到蒸汽时代。

汪淼和史强面见申玉菲，明白了众多科学家自绝的原因是信仰崩塌，但是杨冬却不是为此。

潘寒开始引诱慕星对抗科技发展。

汪淼和史强第一次进入三体游戏，看到乱纪元带来的灾难。

史强把倒计时照片给了常伟思。史强、汪淼再吃卤煮，汪淼又受触动。两人开始怀疑申玉菲。史强有了新助手——徐冰冰。

汪淼见叶文洁，讨论物理是否不存在了。

徐冰冰理解宇宙闪烁。史强把叶文洁的档案给汪淼看，叶文洁当年濒临崩溃。

申玉菲和统帅发实时消息。

史强初见慕星。汪淼经叶文洁帮忙，见到宇宙闪烁。汪淼质问申玉菲。

史强请客安慰濒临崩溃的汪淼；“事出反常必有妖”，“他们越是让你害怕什么，你越不能让他们如愿以偿”。汪淼把照片给了史强，并回归正常生活规律、重启试验。

丁仪安慰实验失败的杨冬，求婚失败。

汪淼来到纳米中心，深受倒计时折磨的他显得十分憔悴，纳米飞刃的研究遇到了一些困境，他一直在试图突破，疲惫不堪的他艰难下令，暂停了实验。

就在仪器都停止的那一刻，他眼前的倒计时也消失了。汪淼的心中升起怒火，他质问申玉菲，表示她别想用这点小魔术就让自己停止研究，三天后自己将重启纳米试验，同时他也向申玉菲宣战，欢迎她在更大尺度上玩弄她的把戏。

申玉菲用平和、却令人不寒而栗的语气告诉汪淼：三天之后，整个宇宙将为你闪烁。

惊慌不已的汪淼冲洗、拍照、再冲洗再拍照，试图找到这不可能事件的原理，底片上怎么可能会有不同数字！

汪淼冲出房间借邻居相机，甚至让妻子李瑶和女儿豆豆一起拍摄验证，最终他发现这竟是一组倒计时数字，并且只有他拍摄的时候才会出现，这发现让汪淼惊恐万分。

汪淼拿起相机想要去维修，开着车狂奔出小区，史强的车紧跟而上，原来他一直在监控着汪淼的行动。

途中，汪淼的眼前竟突然出现了闪动的数字倒计时，他猛然踩下了刹车。

对于汪淼的突然造访，丁仪并不意外，他喝着酒看起来十分消沉，他们谈到杨冬和她的自杀，丁仪忽然拉着汪淼打起了台球，以打台球来比喻加速器的对撞，他告诉汪淼从前人们概念中不可能发生的事情现在却真实发生了，这也解释了杨冬遗书中，物理学不存在的意思。

汪淼明白，科学界出大问题了，这让他惶恐不安。

丁仪回忆起，在杨冬实验失败的当晚，他们来到曼费教授的住所时，发现教授已经身亡。

而在死亡现场，杨冬发现了那份早于自己实验时间的数据，惊恐万分。

红岸基地的监听室内接受到了一份神秘信息：“不要回答！不要回答！不要回答！”。而翻译出这份信息的工作人员叶文洁却暗自将发射器对准了太阳。

三十八年后。绵延数公里的良湘加速器基地宏伟壮观。加速器基地建成，是人类向微观物理进军的一次重大技术进步。

加速器建成后的第一项实验便是验证理论物理学家杨冬的超弦模型。汪淼作为此次高能加速器项目纳米构件部分的负责人，也来到了加速器基地。

一个年轻女性正在加速器旁专注验算，她似乎算出了什么，露出简单的笑，正在拍照的汪淼意外地用相机记录下了这一刻，这个女人正是杨冬。