《星际迷航：星际舰队学院》的故事设定在 32 世纪 —— 这是《星际迷航》系列宇宙的遥远未来时期，正如《星际迷航：发现号》中所呈现的，星际舰队与联合行星联邦正从一场灾难性事件中逐步恢复。该剧向观众介绍了一群年轻的学员，他们为了追寻一个充满希望与乐观精神的共同梦想而齐聚一堂。

在教官们严苛而审慎的目光注视下，他们在经营萌芽的友谊、应对激烈的竞争、经历初恋的同时，还要面对一个既威胁到学院、又威胁到联邦本身的新敌人，并在这一过程中逐渐明白，要成为一名星际舰队军官究竟需要付出什么。