希尔维小时候一个人玩耍在阿斯加德玩耍，时间变异管理局的人突然出现并且将她抓走，而抓走她的时间猎人正是现在的法官拉沃娜，当时拉沃娜的编号是A-23。希尔维被带到了时间变异管理局总部进行审判，希尔维趁机从瑞欧纳身上偷走了时间控制器，利用传送门逃走。

时间回到现在，拉沃娜通过电梯来到时间守护者面前。此时的拉沃娜压力非常大，而莫比乌斯希望可以和C2O时间猎人谈一谈，却被瑞欧纳直接拒绝，她表示已经知道C20时间猎人被希尔维附身，而时间守护者已经下达命令消灭C20时间猎人。

希尔维和洛基看着方舟号在自己眼前被摧毁，希尔维开始心灰意冷，她坦然接受自己即将死亡的命运。希尔维想起自己的小时候，并且将小时候的经历都告诉了洛基。希尔维询问洛基，他们之所以被命名为洛基，是不是因为他们注定有着失败的宿命。洛基认为可能会面临失败，但最终至少都是会活下来的。

希尔维与洛基感情的爆发，影响到了时间线，时间线上出现了分支。时间变异管理局的人也不明白这是怎么回事，但他们通过分支还是抓到了希尔维与洛基。莫比乌斯为洛基开启了一道红色的传送门，把他传送到了时间监狱里。在时间监狱里，这里的一切都会一遍遍的重复发生。洛基遇到了哥哥索尔的朋友希芙，此时的希芙刚被洛基剪了头发，气的上来直接打了洛基一顿，随后便离开。希芙又再次出现，又暴揍了洛基一顿，就这样一遍遍的不停重复。

莫比乌斯找到拉沃娜，提出想要审问希尔维的想法，却遭到拒绝。洛基不停地接受惩罚，当开始承认自己十分孤独，是一位可悲的自恋狂时，希芙也停止了攻击洛基的行为。莫比乌斯将洛基从时间监狱中放出来，两人又开始了谈判交流。莫比乌斯谎称希尔维被B15杀害，洛基十分伤心，他意识到洛基喜欢希尔维，也从而得知相同本体的两个变异时间犯会产生情感，扰乱时间线，发生关联的事件。莫比乌斯使用激将法，迫使洛基说出所知道的一切。可当洛基说出来的时候，莫比乌斯却保持着不信任的态度。审问完后，莫比乌斯把洛基又送回了时间监狱。

B15时间猎人去审问希尔维，并且带她来到了roxxcart超市门口。原来B15时间猎人与希尔维相遇的时候，向她展示了被时间变异管理局抓来之前的记忆，之后希尔维再次向B15时间猎人展示她的记忆。B15时间猎人也看到了自己快乐的过往，并且与希尔维统一战线。

莫比乌斯找到拉沃娜，询问她为何不让自己审问希尔维，并且对时间变异管理局是如何而来的产生了好奇。可两人的观念有所不同，一个关注着未来，一个关注着过去。莫比乌斯不断地询问关于C20时间猎人和希尔维的信息，拉沃娜却声称是在保护莫比乌斯，这让莫比乌斯更加充满好奇。莫比乌斯利用希尔维的武器，让拉沃娜分神，趁机调换了两人的时间控制器。

莫比乌斯通过拉沃娜的时间控制器，确认了C20时间猎人的死亡，并且还看到了C20受审时吐露自己是时间犯。莫比乌斯找到洛基，想证明自己看到的是不是真的，并且想改变战队，站在洛基这边。莫比乌斯告诉洛基，他想让洛基成为什么就能成为什么，也因此怀疑让洛基成为坏人是由于时间变异管理局的操控。两人从时间监狱回到总部，没想到拉沃娜早已派兵在那等候。莫比乌斯想回答拉沃娜之前的问题，可拉沃娜派人裁剪了莫比乌斯，洛基简直不敢相信自己的眼睛。

拉沃娜带着洛基与希尔维来到时间守护者面前，正当时间守护者要审判他们的时候，B15时间猎人从电梯里冲了出来，解除了洛基与希尔维脖子上的控制器，双方随即展开较量。最终洛基与希尔维将他们打倒在地，其中一位时间守护者表示希尔维是时间守护者的孩子，希尔维二话不说就杀死了他。洛基与希尔维随后发现时间守护者居然是机器人，希尔薇显得有些失落。此时，拉沃娜站了起来裁剪了洛基。洛基在另外一个世界突然醒了过来，遇见了四个版本不同的洛基。

洛基和希尔维终于走到了时间线的末尾，与一直在经营时间变异管理局的人面对面。事实证明，这个人就是征服者康——或者康的一个变种。“遗留之人”告诉洛基和希尔维他一直在期待他们，事实上他知道将要发生的一切——直到某一点。

“亿万年前，”他说，他的一个变体生活在31世纪的地球上。这是在时间变异管理局存在之前，那个变体发现了多个平行宇宙的存在。与此同时，康的其他变种也发现了多元宇宙的存在，并开始相互交流。期初一切都很和谐，直到一切开始变样——“他们自然而然地接触了，开始了和平的交流。自恋的，自我吹捧的和平。”这些变体共享技术和知识，使每个宇宙变得更好，“但并非每个版本的我都如此纯洁。”他继续说道，揭示“对我们中的一些人来说，新世界只意味着一件事，有新的土地可以去征服。”因此，现实之间的和平被康的好战的变种们破坏了。

接下来发生的事情是一切故事偏离教条的地方。时间守护者并不是介入并创建神圣时间线的人。“第一个变种遇到了一个由现实中的所有悲痛元素创造的生物，这个生物能够吞噬时间和空间本身。”这就是艾里奥斯，洛基和希尔维在虚空中遇到并附魔的野兽。但有趣的地方是——在这一点上，遗留之人开始不再谈论自己的变体，而是切换到第一人称说道：“我利用了野兽的力量并开始对其进行试验。我武器化了艾里奥斯，我结束了多元宇宙战争。”这表明，要么坐在洛基和希尔维面前的康实际上是在亿万年前首先发现多元宇宙的第一个变体，要么他就是在发现艾里奥斯的变体之后的数个变体中的其中一个。

不管怎样，康已经控制了神圣时间线和时间变异管理局很长一段时间，他给洛基和希尔维提供了一个选择。他们可以杀死他并从此允许时间线分支，但这将导致他自己的数千个变体争夺权力且取代他的位置，同时在此过程中对时间线造成严重的破坏。或者他们可以接替他，按照他们认为合适的方式运行时间变异管理局并继续修剪“变体”，以免打开多元宇宙。

洛基和希尔维在这一点上意见不一——洛基相信康，而且心中些许有点想要权力，同时生活在一个他可以和希尔维一起掌控的世界里。但对希尔维来说，这是一场私人恩怨，她要报复那个夺走了她的生活的人。意见产生分歧德洛基和希尔维开始了一场打斗，但希尔维占了上风，并使用康的类似时间控制器的设备将洛基送回了时间变异管理局。

在送走洛基之后，没有洛基阻拦的西尔维用自己的利刃杀死了康，但他用垂死的呼吸说：“很快就会和你相见”暗示即将到来的变种。镜头时间尽头的城堡内望向窗外，看到时间线以前所未有的方式发生了疯狂的分支，与“神圣时间线”不可挽回地割裂开来，自由意志正在肆虐地发展出新的时间线。

至于拉沃娜，她向莫比乌斯承认她知道时间守护者不是真的，但坚持认为这一切不可能是徒劳的。有人在控制着这一切，且她想听从他们的吩咐。康通过“时间小姐”匿名向她发送了某些文件，而她这一季的最后一个镜头，展示出了她正踏入一个“寻求自由意志”的传送门。

但最大的转折发生在最后。镜头回到洛基被派往的时间变异管理局，一切都乱七八糟。特工们正在为战争做准备，许多士兵都从洛基的身边跑过去。而洛基终于找到了莫比乌斯和猎人B-15，并告诉他们他和希尔维把一切都搞砸了。时间线正在疯狂的分叉，“一个非常危险的人的他的无数不同版本即将到来，这些不同版本的他已经准备好开战了。”但莫比乌斯却让洛基冷静下来，说到：“别紧张。你是分析师吧？你是哪个部门的？”

然后镜头随着洛基的视角一转，在电梯附近，曾经有三位时间守护者的雕像的位置，现在只有一个雕像，而那个雕像则是康，这一切出现了仿佛像是电影人猿星球一般的大伏笔。希尔维用来将洛基送回时间变异管理局的时间控制器并没有将他送回之前所应当存在的现实，而是将他送回了那些平行宇宙其中之一，在那里康公开控制了时间变异管理局，且莫比乌斯和洛基则互不认识。