洛基和希尔维终于走到了时间线的末尾，与一直在经营时间变异管理局的人面对面。事实证明，这个人就是征服者康——或者康的一个变种。“遗留之人”告诉洛基和希尔维他一直在期待他们，事实上他知道将要发生的一切——直到某一点。

“亿万年前，”他说，他的一个变体生活在31世纪的地球上。这是在时间变异管理局存在之前，那个变体发现了多个平行宇宙的存在。与此同时，康的其他变种也发现了多元宇宙的存在，并开始相互交流。期初一切都很和谐，直到一切开始变样——“他们自然而然地接触了，开始了和平的交流。自恋的，自我吹捧的和平。”这些变体共享技术和知识，使每个宇宙变得更好，“但并非每个版本的我都如此纯洁。”他继续说道，揭示“对我们中的一些人来说，新世界只意味着一件事，有新的土地可以去征服。”因此，现实之间的和平被康的好战的变种们破坏了。

接下来发生的事情是一切故事偏离教条的地方。时间守护者并不是介入并创建神圣时间线的人。“第一个变种遇到了一个由现实中的所有悲痛元素创造的生物，这个生物能够吞噬时间和空间本身。”这就是艾里奥斯，洛基和希尔维在虚空中遇到并附魔的野兽。但有趣的地方是——在这一点上，遗留之人开始不再谈论自己的变体，而是切换到第一人称说道：“我利用了野兽的力量并开始对其进行试验。我武器化了艾里奥斯，我结束了多元宇宙战争。”这表明，要么坐在洛基和希尔维面前的康实际上是在亿万年前首先发现多元宇宙的第一个变体，要么他就是在发现艾里奥斯的变体之后的数个变体中的其中一个。

不管怎样，康已经控制了神圣时间线和时间变异管理局很长一段时间，他给洛基和希尔维提供了一个选择。他们可以杀死他并从此允许时间线分支，但这将导致他自己的数千个变体争夺权力且取代他的位置，同时在此过程中对时间线造成严重的破坏。或者他们可以接替他，按照他们认为合适的方式运行时间变异管理局并继续修剪“变体”，以免打开多元宇宙。

洛基和希尔维在这一点上意见不一——洛基相信康，而且心中些许有点想要权力，同时生活在一个他可以和希尔维一起掌控的世界里。但对希尔维来说，这是一场私人恩怨，她要报复那个夺走了她的生活的人。意见产生分歧德洛基和希尔维开始了一场打斗，但希尔维占了上风，并使用康的类似时间控制器的设备将洛基送回了时间变异管理局。

在送走洛基之后，没有洛基阻拦的西尔维用自己的利刃杀死了康，但他用垂死的呼吸说：“很快就会和你相见”暗示即将到来的变种。镜头时间尽头的城堡内望向窗外，看到时间线以前所未有的方式发生了疯狂的分支，与“神圣时间线”不可挽回地割裂开来，自由意志正在肆虐地发展出新的时间线。

至于拉沃娜，她向莫比乌斯承认她知道时间守护者不是真的，但坚持认为这一切不可能是徒劳的。有人在控制着这一切，且她想听从他们的吩咐。康通过“时间小姐”匿名向她发送了某些文件，而她这一季的最后一个镜头，展示出了她正踏入一个“寻求自由意志”的传送门。

但最大的转折发生在最后。镜头回到洛基被派往的时间变异管理局，一切都乱七八糟。特工们正在为战争做准备，许多士兵都从洛基的身边跑过去。而洛基终于找到了莫比乌斯和猎人B-15，并告诉他们他和希尔维把一切都搞砸了。时间线正在疯狂的分叉，“一个非常危险的人的他的无数不同版本即将到来，这些不同版本的他已经准备好开战了。”但莫比乌斯却让洛基冷静下来，说到：“别紧张。你是分析师吧？你是哪个部门的？”

然后镜头随着洛基的视角一转，在电梯附近，曾经有三位时间守护者的雕像的位置，现在只有一个雕像，而那个雕像则是康，这一切出现了仿佛像是电影人猿星球一般的大伏笔。希尔维用来将洛基送回时间变异管理局的时间控制器并没有将他送回之前所应当存在的现实，而是将他送回了那些平行宇宙其中之一，在那里康公开控制了时间变异管理局，且莫比乌斯和洛基则互不认识。

老年洛基向洛基解释这是一个虚无的地方，这里有个强大的生物叫做艾里奥斯。希尔维不断的审问法官瑞欧纳，得知洛基没有死，而是处在时间的尽头虚无世界里。时间线被剪裁以后并不是被消灭掉，而是转移到另一个地方停止他的发展。瑞欧纳提出与希尔维合作，因为她也想搞清楚所有的事情。

洛基通过与老年洛基等人的谈话，得知他们所在的地方就是时间变异管理局的垃圾场，所有被剪裁的东西都会被传送到这里，只所以这里有如此多的洛基，是因为洛基总能活下来。艾里奥斯则是吞食这个垃圾场的一切东西，以确保这里的人不会逃走。洛基提出想要逃跑的想法，但老年洛基没有搭理他，似乎他已经尝试过许多方法，但都无法逃离这里。少年洛基告诉洛基，他杀了索尔，洛基便笑了笑。他们随后进入了一个地下城堡，进入地下城堡前，还看到了灭霸的直升机，还看到了青蛙索尔。

希尔维通过时间控制器呼唤出时间小姐，想查看时间变异管理局建立时的文件。希尔维想到自己以前不断地在末日时间线中逃亡，因为末日的结果不管做什么都不会引起关联的事件。在时间线尽头，还没有形成新的时间线的虚无中，意味着做什么也不会引发关联事件。希尔维想去虚无，时间小姐提示她可以利用虚无飞船前往。瑞欧纳与希尔维也达成一致，使用飞船找到洛基以及最终的幕后大BOSS。此时D90时间猎人闯了进来，希尔维抢走瑞欧纳的时间控制器，便躲了起来，随后用时间变异管理局的武器修剪了自己，使自己来到了虚无的世界。

老年洛基告诉洛基，他没有被灭霸杀死，最后自己一个人孤独的生活着，便想到哥哥索尔。刚要去找哥哥索尔的时候，就被时间变异管理局抓了回来。洛基回到地面，遇到了总统洛基。

希尔维来到虚无的世界就碰上了艾里奥斯，她利用魔法接触了艾里奥斯的烟雾，似乎看到了艾里奥斯的心智，闪现出一座未知的城堡。此时，突然出现了一辆汽车，希尔维便立刻上车，没想到车上坐着的正是莫比乌斯。

总统洛基想要占领地下城堡，却遭到老年洛基等人的阻止，眼看双方要争斗起来。可由于双方都是洛基，便出现了各种反转场面，总统洛基不幸牺牲。老年洛基使用魔法制造了各种分身，并且利用魔法打开传送门，让大家安全逃离。在洛基的鼓舞下，大家决定帮助洛基接近艾里奥斯，并且消灭它。

希尔维与莫比乌斯逃过了艾里奥斯的吞食，可希尔维打算回去找艾里奥斯。因为之前与艾里奥斯的接触，希尔维认为逃出去的办法就是要附身艾里奥斯。

洛基等人准备靠近艾里奥斯时，突然出现一艘被时间变异管理局剪裁到这里的战舰。洛基决定等艾里奥斯接近战舰的时候，就是下手的好时机。可战舰瞬间就被艾里奥斯摧毁，洛基目瞪口呆。没过多久，洛基就遇到了希尔维等人，大家相互寒暄了一番。希尔维将自己的想法告诉洛基，她觉得艾里奥斯守护的东西就是时间变异管理局背后的老大，并且想要附身艾里奥斯。

瑞欧纳从B15时间猎人口中得知希尔维的最终目的，但她的目的与自己想法一致。瑞欧纳利用时间小姐，调去了所有关于时间变异管理局创立的文件。

希尔维与洛基相互交谈，希望两人最后可以一起走下去。大家来到艾里奥斯面前，莫比乌斯决定利用时间控制器回到时间变异管理局，他想把时间变异管理局烧毁，而少年洛基与老年洛基决定留在这个地方。洛基决定用自己当诱饵，给希尔维争取附身的机会。可艾里奥斯没有管洛基，而是直接去攻击希尔维。老年洛基利用魔法创造出阿斯加德的假象，吸引了艾里奥斯的注意力。艾里奥斯转头开始攻击幻象阿斯加德，希尔维赶紧施附身魔法。老年洛基由于施展魔法体力透支，不幸被艾里奥斯吞噬。此时，希尔维附身成功，在他们面前出现了一个空间传送门。

希尔维小时候一个人玩耍在阿斯加德玩耍，时间变异管理局的人突然出现并且将她抓走，而抓走她的时间猎人正是现在的法官拉沃娜，当时拉沃娜的编号是A-23。希尔维被带到了时间变异管理局总部进行审判，希尔维趁机从瑞欧纳身上偷走了时间控制器，利用传送门逃走。

时间回到现在，拉沃娜通过电梯来到时间守护者面前。此时的拉沃娜压力非常大，而莫比乌斯希望可以和C2O时间猎人谈一谈，却被瑞欧纳直接拒绝，她表示已经知道C20时间猎人被希尔维附身，而时间守护者已经下达命令消灭C20时间猎人。

希尔维和洛基看着方舟号在自己眼前被摧毁，希尔维开始心灰意冷，她坦然接受自己即将死亡的命运。希尔维想起自己的小时候，并且将小时候的经历都告诉了洛基。希尔维询问洛基，他们之所以被命名为洛基，是不是因为他们注定有着失败的宿命。洛基认为可能会面临失败，但最终至少都是会活下来的。

希尔维与洛基感情的爆发，影响到了时间线，时间线上出现了分支。时间变异管理局的人也不明白这是怎么回事，但他们通过分支还是抓到了希尔维与洛基。莫比乌斯为洛基开启了一道红色的传送门，把他传送到了时间监狱里。在时间监狱里，这里的一切都会一遍遍的重复发生。洛基遇到了哥哥索尔的朋友希芙，此时的希芙刚被洛基剪了头发，气的上来直接打了洛基一顿，随后便离开。希芙又再次出现，又暴揍了洛基一顿，就这样一遍遍的不停重复。

莫比乌斯找到拉沃娜，提出想要审问希尔维的想法，却遭到拒绝。洛基不停地接受惩罚，当开始承认自己十分孤独，是一位可悲的自恋狂时，希芙也停止了攻击洛基的行为。莫比乌斯将洛基从时间监狱中放出来，两人又开始了谈判交流。莫比乌斯谎称希尔维被B15杀害，洛基十分伤心，他意识到洛基喜欢希尔维，也从而得知相同本体的两个变异时间犯会产生情感，扰乱时间线，发生关联的事件。莫比乌斯使用激将法，迫使洛基说出所知道的一切。可当洛基说出来的时候，莫比乌斯却保持着不信任的态度。审问完后，莫比乌斯把洛基又送回了时间监狱。

B15时间猎人去审问希尔维，并且带她来到了roxxcart超市门口。原来B15时间猎人与希尔维相遇的时候，向她展示了被时间变异管理局抓来之前的记忆，之后希尔维再次向B15时间猎人展示她的记忆。B15时间猎人也看到了自己快乐的过往，并且与希尔维统一战线。

莫比乌斯找到拉沃娜，询问她为何不让自己审问希尔维，并且对时间变异管理局是如何而来的产生了好奇。可两人的观念有所不同，一个关注着未来，一个关注着过去。莫比乌斯不断地询问关于C20时间猎人和希尔维的信息，拉沃娜却声称是在保护莫比乌斯，这让莫比乌斯更加充满好奇。莫比乌斯利用希尔维的武器，让拉沃娜分神，趁机调换了两人的时间控制器。

莫比乌斯通过拉沃娜的时间控制器，确认了C20时间猎人的死亡，并且还看到了C20受审时吐露自己是时间犯。莫比乌斯找到洛基，想证明自己看到的是不是真的，并且想改变战队，站在洛基这边。莫比乌斯告诉洛基，他想让洛基成为什么就能成为什么，也因此怀疑让洛基成为坏人是由于时间变异管理局的操控。两人从时间监狱回到总部，没想到拉沃娜早已派兵在那等候。莫比乌斯想回答拉沃娜之前的问题，可拉沃娜派人裁剪了莫比乌斯，洛基简直不敢相信自己的眼睛。

拉沃娜带着洛基与希尔维来到时间守护者面前，正当时间守护者要审判他们的时候，B15时间猎人从电梯里冲了出来，解除了洛基与希尔维脖子上的控制器，双方随即展开较量。最终洛基与希尔维将他们打倒在地，其中一位时间守护者表示希尔维是时间守护者的孩子，希尔维二话不说就杀死了他。洛基与希尔维随后发现时间守护者居然是机器人，希尔薇显得有些失落。此时，拉沃娜站了起来裁剪了洛基。洛基在另外一个世界突然醒了过来，遇见了四个版本不同的洛基。

C20时间猎人被女洛基抓走后，女洛基一直在不断地用魔法给她洗脑，创造出两人是好朋友的假象。在洛基不断地洗脑之下，C20猎人说出了关于时间守护者的信息。

神圣时间线被女洛基攻击，女洛基趁时间变异管理局的人都去处理时间线之际，利用传送门混进了时间变异管理局总部，当她要攻击时间卫士时，发现自己的魔法不管用，因为魔法在时间变异管理局里是无效的。洛基紧随其后，他也来到了时间变异管理局总部，找到机会拿回了自己的武器，他找女洛基，想与她联手去找时间守护者。此时法官瑞佛纳出现，洛基与女洛基被迫利用传送门离开时间变异管理局总部。

洛基与女洛基通过传送门来到了2077年的拉曼迪斯一号卫星，这是位于大麦哲伦星系克里帝国最边缘的一座大矿场。此时一号卫星正要和自己的行星相撞，女洛基想利用时间控制器来摆脱困境，可时间控制器没有电了，洛基趁机将时间控制器抢了回来。天空突然降下陨石雨，洛基与女洛基便立刻开始寻找给时间控制器充电的办法。洛基与女洛基来到一处避难所，女洛基试图用魔法附身在洛基的身上，但附身失败。洛基提醒女洛基，他是不会被她附身的。随后他们来到附近的村庄，女洛基告诉洛基自己的名字叫塞尔维，并且他们还剩下12小时的时间可以离开这颗星球。洛基与女洛基发现一位正在等死的村民，可村民觉得他们两人是恶魔。随后洛基与女洛基从村民的口中得知这里所有人都逃到离开这座星球的方舟号上，为了给时间控制器充电，洛基与女洛基也必须到方舟号上，他们伪装成警卫，顺利的登上通往方舟号的火车。

洛基与女洛基在火车上闲聊起来，女洛基知道自己是被领养的，但却不记得自己的母亲。洛基与母亲弗丽嘉一起长大，但不知道自己的真实身份。女洛基有一位爱人，他们保持着异地恋的关系。女洛基反问洛基是喜欢公主还是王子，洛基表示两者都有。洛基喝多了，便开始与周围的人互动了起来，还给女洛基唱了一首阿斯加德的歌曲，他们的举动引起了火车上警卫的注意，警卫想要检查他们的车票。洛基与警卫发生冲突，警卫将洛基扔下火车，而女洛基也被迫下车。由于刚才的打斗，时间控制器被损坏，女洛基十分生气，便说出了方舟号会与行星碰撞而毁灭的真相。洛基提议提前劫持方舟号，以便逃走，女洛基也认同洛基的想法。在路上，女洛基向洛基解释自己附身的原理。女洛基通过之前附身在C20时间猎人，得知时间变异管理局里工作的人都是时间犯。

行星与卫星的距离越来越近，洛基与女洛基急闯入方舟号，与附近的守卫扭打在一起。可最终洛基与女洛基没有登上方舟号，并且眼看着陨石要把方舟号摧毁。

1985年美国威斯康星州举办了一场中世纪主题的派对，C20时间猎人带着他的小队出现，他们在这里发现了时间犯洛基的身影。C20时间猎人被时间犯偷袭，随后被洛基附身修改了意识。紧接着，C20时间猎人帮助洛基消灭了自己的时间小队，便失去了意识，随即昏倒。洛基随后拿走了时间重置装置，并且得到时间卫士身上的控制器，利用传送门绑架走了C20时间猎人。

洛基正无聊的接受全息投影仪时间小姐的培训，此时莫比乌斯出现，给洛基拿来了时间变异管理局的制服。莫比乌斯随后带着洛基准备出发，调查刚才的袭击事件。B15通过现世光环等信息表明此次的时间犯就是洛基，随后莫比乌斯也展示出了时间变异管理局曾经遇到过的不同版本洛基。

莫比乌斯与洛基来到案发现场展开调查，洛基似乎发现了线索，他让莫比乌斯保证抓到时间犯之后自己不会被消灭，并且让他带自己去见时间守护者。莫比乌斯发现洛基是在耍他们，随后便安排重置时间线。洛基不配合的表现引起了法官瑞佛纳的重视，她把莫比乌斯叫到办公室，讨论此次的案情。瑞佛纳还是觉得洛基不太可靠，但莫比乌斯却觉得洛基可能会改变。瑞佛纳告诉莫比乌斯，洛基在神圣时间线上就是一个狡诈的人，不可能会发生改变，除非时间守护者的裁决。时间守护者一直在监视着这个案件的每个环节，她从未见过时间守护者如此在意一个案件。

洛基见莫比乌斯从法官的屋里出来，便开始为自己刚才调查时的行为做辩解，而莫比乌斯揭穿了洛基的想法，他认为洛基想接近时间守护者，用花言巧语欺骗他们，最后来掌握整个时间变异管理局。洛基见自己的目的被看穿，便向莫比乌斯询问为何他们还要自己帮忙。莫比乌斯告诉洛基，第一他想及时破案，第二则是当初看到一个被吓坏的小男孩在寒风中瑟瑟发抖，觉得他很可怜，所以才想帮他。

莫比乌斯随后让洛基把关于这件案子的卷宗全都看一遍，查看是否能发现线索。洛基觉得查看卷宗十分无聊，便去找图书管理者询问关于时间守护者和神圣时间线的资料。可那些都是机密文件，洛基的权限无法查看。洛基在查看自己资料时，发现了关于未来诸神黄昏的报告。洛基立马找到莫比乌斯，他似乎知道了为什么时间变异管理局一直抓不到时间犯的原因。为了证明洛基的理论，莫比乌斯与洛基来到了公元前79年的庞贝城。经过洛基的一番努力，证明了洛基的理论是正确的。莫比乌斯与洛基回到时间变异管理局，他告诉洛基，这个世界最终一切都会湮灭。洛基开始慢慢引导莫比乌斯，想让莫比乌斯策反。莫比乌斯突然想到蓝色糖果，那个糖果只在2047年到2051年出现过，这意味着时间犯就在这个时间段内。他们随后调查了那段时间内，发生的自然灾害，就可以锁定时间犯的具体位置。经过调查，发现2050年阿拉巴马州的事件最符合这个条件。

莫比乌斯与洛基带着时间小队来到2050年阿拉巴马州，他们来到黑文山的一家Roxxcart超市。进入超市后，大家便分头展开行动，B15与洛基分在一个小组行动。洛基与B15看到超市一位正在买花的顾客，觉得十分可疑，B15便上前询问，不料那位客人被洛基附身，随后又附身在B15身上。B15告诉洛基，你就是我。洛基告诉时间犯，他的目的是想要推翻时间守护者的统治，他已经取得了时间变异管理局的信任，现在需要一个合格的副官。时间犯对洛基的计划并不感兴趣，随后便附身在一位超市员工身上。时间犯不喜欢别人把自己称呼为洛基，希望能够喊他叫兰迪。洛基询问兰迪的最终目的，并且发现了货架上的时间重置装置。此时出现以为被附身的壮汉，他不断地攻击洛基。

莫比乌斯此时发现了被绑架的C20猎人，她精神十分恍惚。C20猎人告诉莫比乌斯，她不小心将找到时间守护者的办法告诉时间犯。另一边，兰迪放置好所有时间设备，并且露出了原型，竟然就是女洛基。时间重置装置启动，神圣时间线分裂出无数个分支。时间变异管理局看到这一情况，整个公司乱作一团。女洛基拿着时间控制器，通过传送门离开了超市。此时，莫比乌斯从后面赶来，洛基纠结了一会，也通过传送门离开了。

时间来到2012年，洛基趁乱带着宇宙魔方逃走，通过宇宙魔方穿越到了蒙古沙漠地带。紧接着一支神秘小队就紧随其后，神秘小队自称是时间变异管理局，专门抓捕扰乱时间的罪犯。而洛基，便是他们此次任务的目标。让洛基没想到的是时间变异管理局战斗力惊人，他们的攻击可以使人进入十六分之一的正常时间中，这打的洛基一个措手不及。随后洛基就被时间变异管理局的人带走，并且在临走前在地上放下了一个特殊装置，这个装置可以让破碎的时间线恢复正常。

洛基被带到了时间变异管理局的总部，洛基刚想要逃走，时间变异管理局的人拿着时间遥控器，控制洛基回到几秒前的状态，这让洛基觉得十分神奇。洛基被带到一个机器人面前，机器人强行帮洛基换了一身衣服。洛基然后进入下一个房间，签署了一些列的文件。洛基被工作人员拍摄了一张名叫现世光环的照片，随后被带去了时间变异管理局的办事大厅，大厅的电视里正播放着时间变异管理局的宣传片。在远古时代有一场多元宇宙的战争，无数的时间线相互交织，几乎毁灭了一切。此时，时间守护者出现，时间守护者将多元宇宙合并为一条时间线，因此让世界恢复了和平，而这条时间线叫做神圣时间线。一旦有人出现捣乱了神圣时间线的秩序，这些人会被称为时间犯，如果不及时处理时间犯就会引发更大的混乱，最终导致另一场多元宇宙的战争，时间变异管理局的出现就是为了防止出现类似的问题。

时间来到1549年的法国普罗旺斯，时间变异管理局的追捕者和时间卫士正在追捕时间犯的时候遭到了伏击，而这已经是第六次遇袭事件。探员莫比乌斯正在现场进行调查，突然出现一位小女孩，探员询问小女孩是否知道是谁杀害了他们，小女孩指着窗户上的撒旦。此时，另一位探员通过传送门来到现场，他将洛基的资料交给莫比乌斯。

洛基在时间变异管理局的审判大厅接受审判，洛基不停地为自己辩解。洛基想要施展魔法逃脱，却发现魔法在时间变异管理局里根本无效。法庭宣判洛基有罪，就在洛基即将被带走的时候，莫比乌斯来到时间变异管理局，他想与洛基单独聊聊。紧接着，两人来到会议室，洛基刚想要逃走，不料莫比乌斯也有时间遥控器，将洛基回到了几秒前的状态。莫比乌斯想与洛基合作，随后利用投影仪播放出洛基曾经屡战屡败的场面。因为某些原因，莫比乌斯需要深度了解洛基。洛基趁莫比乌斯不注意的时候将控制时间装置偷走，并且逃了出去。时间变异管理局全员出动去抓捕洛基，而洛基遇到了一位刚来时间变异管理局的职员，并且威胁他交出宇宙魔方。职员打开抽屉，洛基瞬间惊呆，原来里面有一抽屉的无限宝石。洛基询问职员为何有无限宝石，职员声称这种东西在公司里十分普遍。洛基拿着宇宙魔方逃到了之前的会议室，他控制投影仪播放着养母死去的画面，内心十分难过。随后洛基根据投影仪，看到了自己的一生，最后是死在灭霸的手里。此时，莫比乌斯来到会议室。洛基向莫比乌斯询问是不是回不到自己的时间线，坦言自己其实不喜欢伤害别人，之所以这么做是因为别无选择。莫比乌斯提出洛基能够帮忙追踪一个时间犯，洛基询问为何找自己来帮忙，莫比乌斯声称因为他们正在追踪的时间犯，正是另一个时间线的洛基。

时间来到1858年美国中部俄克拉荷马州，时间变异管理局的时间卫士找到一个来自远古时期的发光武器。此时突然出现一位神秘人，杀害了所有的时间卫士。